研究者業績

国田 勝行

Katsuyuki KUNIDA

基本情報

所属
藤田医科大学 医学部 情報生命科学 准教授
(兼任)精神・神経病態解明センター 計算科学部門 准教授
(兼任)キャリア教育センター 副センター長
学位
博士(医学)(京都大学)

連絡先
katsuyuki.kunidafujita-hu.ac.jp
J-GLOBAL ID
201701001948114655
researchmap会員ID
B000284473

外部リンク

数理科学やデータ解析の手法を用いて、生物学・医学のさまざまな課題に取り組んでいます。特に、細胞の移動・増殖・分化といった多様な機能を支える分子ネットワーク(タンパク質や遺伝子、代謝物の相互作用)の構造や働きを明らかにし、細胞の振る舞い(ダイナミクス)を予測・制御する研究を進めています。また、患者数が少ない希少疾患を対象に、限られたデータから病気の進行や重症化を予測し、その要因を明らかにする研究にも取り組んでいます。

【お知らせ 大学院生募集中!】

2027年4月より新設される藤田医科大学大学院「医工学社会共創研究科」に異動するため、修士課程・博士後期課程の大学院生を募集しています。新研究科では、国公立大学と同程度の学費水準を予定しています。

データサイエンスを活用して、生体システムの理解・予測・制御に取り組んでいます。数理モデルや機械学習を用いた生物学・医学研究に興味のある方は、ぜひお気軽にご連絡ください。研究テーマの持ち込みも大歓迎です了解

連絡先: katsuyuki.kunida[at]fujita-hu.ac.jp(※[at]を@に変更してください)


論文

 36

MISC

 3
  • Toshiya Kokaji, Kenta T Suzuki, Katsuyuki Kunida, Yuichi Sakumura
    bioRxiv 2026年6月16日  
    Gene regulatory network inference is widely used to reconstruct large-scale networks and identify functional genes from transcriptome data. Meanwhile, in many biological fields, core regulatory genes have been extensively studied, leading to the establishment of small-scale gene regulatory networks, and novel genes connected to these networks remain to be identified. However, methods for expanding existing gene networks by identifying novel regulatory interactions, rather than reconstructing the entire network, are not well established. Here, we propose a method for gene network expansion that incorporates known regulatory relationships and evaluates each candidate gene individually to infer its regulatory connections to the existing network. Using simulated datasets from the DREAM4 benchmark and the PRECISE-1K experimental dataset, our method outperformed conventional methods by incorporating prior knowledge. In particular, it improved the ability to distinguish true regulatory interactions from indirect associations arising from strong correlations among genes in the existing network. The method also showed strong performance for interactions involving genes with high outdegree or centrality. Furthermore, it maintained stable performance as the size of the existing network increased and was robust to noise in prior information. These results demonstrate that our method provides an effective framework for expanding existing gene regulatory networks by leveraging prior knowledge.
  • Chen Xing, Yuichi Sakumura, Toshiya Kokaji, Katsuyuki Kunida, Noriaki Sasai
    bioRxiv 2024年8月  
  • Tomoki Ohkubo, Haruyuki Kinoshita, Toshiro Maekawa, Katsuyuki Kunida, Hiroshi Kimura, Shinya Kuroda, Teruo Fujii
    bioRxiv 2018年10月  

講演・口頭発表等

 58

主要な担当経験のある科目(授業)

 12

共同研究・競争的資金等の研究課題

 8

その他

 2
  • 細胞機能(増殖・分化、移動、分裂)を制御する分子ネットワーク同定と操作、 細胞バイオプロセスにおける目的物質収量の最大化、 希少疾患の病態進行予測とリスク因子同定(バイオマーカーの探索)
  • 細胞画像解析アルゴリズム、トランスオミクス解析、多変量解析(モデル回帰、クラスタリング、次元圧縮など)、ネットワーク解析、時系列解析、力学系解析、最適制御設計