尾嶋拓

研究者氏名	尾嶋拓
	オシマヒラク
URL
所属	兵庫県立大学
部署	大学院理学研究科情報理学研究室
職名	准教授
学位	博士（理学）(九州大学)
ORCID ID	0000-0001-5626-1291
J-Global ID	201801021113859771

研究キーワード

分子動力学シミュレーション ,創薬 ,タンパク質 ,液体論 ,複雑ネットワーク ,生物物理

研究分野

ライフサイエンス / 栄養学、健康科学 /
自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /
ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

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2023年4月

現在

兵庫県立大学大学院理学研究科情報理学研究室准教授

2021年4月

2023年3月

兵庫県立大学大学院情報科学研究科鷲津仁志研究室理研クロスアポイントメント准教授

2018年4月

2023年3月

理化学研究所計算科学研究センター特別研究員

2018年4月

2023年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター研究員

2016年4月

2018年3月

理化学研究所計算科学研究機構特別研究員

学歴

2004年4月

2009年3月

九州大学大学院理学府凝縮系科学専攻

2000年4月

2004年3月

九州大学理学部物理学科

受賞

2020年7月

日本蛋白質科学会, 第20回日本蛋白質科学会年会若手奨励賞優秀賞,Developments and applications of generalized-ensemble methods for free-energy analysis of protein-ligand binding

論文

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Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation

Yasuhiro Matsunaga Motoshi Kamiya Hiraku Oshima Jaewoon Jung Shingo Ito Yuji Sugita

Biophysical Reviews 14 1503-1512 2022年12月 [査読有り]

AbstractMultistate Bennett acceptance ratio (MBAR) works as a method to analyze molecular dynamics (MD) simulation data after the simulations have been finished. It is widely used to estimate free-energy changes be...

Modified Protein-Water Interactions in CHARMM36m for Thermodynamics and Kinetics of Proteins in Dilute and Crowded Solutions

Daiki Matsubara Kento Kasahara Hisham M. Dokainish Hiraku Oshima Yuji Sugita

MOLECULES 27(17) 5726 2022年9月 [査読有り]

Proper balance between protein-protein and protein-water interactions is vital for atomistic molecular dynamics (MD) simulations of globular proteins as well as intrinsically disordered proteins (IDPs). The overestimation of protein-protein intera...

Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution

Kento Kasahara Suyong Re Grzegorz Nawrocki Hiraku Oshima Chiemi Mishima-Tsumagari Yukako Miyata-Yabuki Mutsuko Kukimoto-Niino Isseki Yu Mikako Shirouzu Michael Feig Yuji Sugita

Nature Communications 12(1) 4099 2021年12月 [査読有り]

The inside of a cell is highly crowded with proteins and other biomolecules. How proteins express their specific functions together with many off-target proteins in crowded cellular environments is largely unknown. Here, we investigate an inhibito...

Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems

Jaewoon Jung Kento Kasahara Chigusa Kobayashi Hiraku Oshima Takaharu Mori Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 17(8) 5312-5321 2021年7月 [査読有り]

Unraveling the Coupling between Conformational Changes and Ligand Binding in Ribose Binding Protein Using Multiscale Molecular Dynamics and Free-Energy Calculations

Weitong Ren Hisham M. Dokainish Ai Shinobu Hiraku Oshima Yuji Sugita

The Journal of Physical Chemistry B 125(11) 2898-2909 2021年3月 [査読有り]

Conformational changes of proteins upon ligand binding are usually explained in terms of several mechanisms including the induced fit, conformational selection, or their mixtures. Due to the slow time scales, conventional molecular dynamics (cMD) ...