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研究者業績

研究者リスト >> 神谷 成敏
 

神谷 成敏

 
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研究者氏名神谷 成敏
 
カミヤ ナルトシ
URL
所属兵庫県立大学
部署情報科学研究科
職名特任教授
科研費研究者番号80420462
J-Global ID201801005421048355

研究分野

 
  • ライフサイエンス / 生物物理学 / 

論文

12345>
 
 
Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations
Gert-Jan Bekker   Yoshifumi Fukunishi   Junichi Higo   Narutoshi Kamiya   
ACS Omega      2024年1月
 
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model
Ryo Kanada   Atsushi Tokuhisa   Yusuke Nagasaka   Shingo Okuno   Koichiro Amemiya   Shuntaro Chiba   Gert-Jan Bekker   Narutoshi Kamiya   Koichiro Kato   Yasushi Okuno   
Journal of Chemical Theory and Computation      2023年12月
 
Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02
Gert‐Jan Bekker   Nobutaka Numoto   Maki Kawasaki   Takahiro Hayashi   Saaya Yabuno   Yuko Kozono   Takeyuki Shimizu   Haruo Kozono   Nobutoshi Ito   Masayuki Oda   Narutoshi Kamiya   
Protein Science   32(10) e4775   2023年9月   [査読有り]
Abstract

We have applied our advanced computational and experimental methodologies to investigate the complex structure and binding mechanism of a modified Wilms’ Tumor 1 (mWT1) protein epitope to the understudied Asian‐dominant allele HLA‐A*24:0...
 
Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL
Gert-Jan Bekker   Mitsugu Araki   Kanji Oshima   Yasushi Okuno   Narutoshi Kamiya   
Communications Biology   6(1) 349   2023年3月
Abstract

The intrinsically disordered region (IDR) of Bim binds to the flexible cryptic site of Bcl-xL, a pro-survival protein involved in cancer progression that plays an important role in initiating apoptosis. However, their binding mechanism h...
 
Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics
Junichi Higo   Gert-Jan Bekker   Narutoshi Kamiya   Ikuo Fukuda   Yoshifumi Fukunishi   
Biophysics and Physicobiology      2023年

MISC

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Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations
Gert-Jan Bekker   Narutoshi Kamiya   
Computer-Aided Antibody Design   151-163   2023年
 
Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level
Gert-Jan Bekker   Narutoshi Kamiya   
Methods in Molecular Biology   187-202   2021年3月
 
Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization
Masayuki Oda   Nobutaka Numoto   Gert-Jan Bekker   Narutoshi Kamiya   Fusako Kawai   
Methods in Enzymology   159-185   2021年2月
 
分子動力学シミュレーションによる単一ドメイン抗体の熱安定性の評価
神谷成敏   
熱測定   47(4)    2020年
 
内在性リガンドの結合様式からみた核内受容体PPARγの活性化機構
白木 琢磨   神谷 成敏   陣上 久人   
蛋白質核酸酵素   50(13) 1660-1665   2005年11月   

共同研究・競争的資金等の研究課題

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クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
織田 昌幸 関口 博史 沼本 修孝 神谷 成敏 宮ノ入 洋平 
研究期間: 2021年4月 - 2024年3月
 
癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
神谷 成敏 織田 昌幸 伊藤 暢聡 Bekker Gerardu 
研究期間: 2020年4月 - 2023年3月
 
タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
神谷 成敏 
研究期間: 2016年4月 - 2019年3月
 
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
中村 春木 藤井 聡 皿井 明倫 神谷 成敏 河野 秀俊 笠原 浩太 飯田 緑 
研究期間: 2012年6月 - 2017年3月
 
結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
神谷 成敏 
研究期間: 2013年4月 - 2016年3月
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